A TFPU surgiu por meio da Lei Ordinária nº 2992, de 23 de dezembro de 1996, e passou a ser exigida no ano seguinte. A taxa incide sobre os pedidos de licença para localização e funcionamento de estabelecimentos comerciais e substitui o conhecido alvará de funcionamento.
A Lei Complementar nº 21 de 26 de dezembro de 2005, que instituiu o novo código tributário de São José, manteve a TFPU em substituição ao Alvará de Funcionamento. Assim, não existe sobreposição de taxas, mas a substituição de uma para outra.
