Em São José os munícipes possuem um diferencial em sua defesa - o Conselho Municipal de Contribuintes. Esse conselho é a segunda instância na tramitação de processos junto à Prefeitura Municipal, cabendo ao contribuinte que teve a solicitação ou a notificação proferida em primeira instância, em desacordo com suas expectativas, a chance de recorrer ao conselho ainda na esfera administrativa. Caso que ocorre em poucas cidades de Santa Catarina, dentre elas, São José.

O conselho é formado por membros da sociedade representada com associações organizadas e pelo poder público em igual número - dois da esfera pública e dois da privada, com respectivos suplentes. O coordenador do Nucont Tadeu Pedro Vieira e o Contador Márcio Luiz Stolff, ambos do Núcleo de Contabilistas da AEMFLO e CDL de São José são alguns dos representantes dos contribuintes. Outro conselheiro é o representante suplente do Sinduscon, Nilson José Göedert, que também é vice-presidente de administração da AEMFLO e CDL-SJ.

As reuniões ocorrem as quintas-feiras, às 11h, na sala de reuniões da Procuradoria Geral do Município, onde são relatados em média dois processos por encontro, cabendo a cada conselheiro seu parecer e consequentemente seu voto. Os processos são distribuídos na forma de sorteio, eliminando assim o direcionamento dos mesmos. Em caso de empate, cabe ao presidente do Conselho, Rodrigo João Machado, votar. A missão do conselho é oportunizar a todos o direito da ampla defesa, tanto escrita, por meio do processo, quanto verbal, por sustentação oral.

Esse conselho é regido pelas normas do Código Tributário Municipal, Lei Complementar Municipal nº 21/2005 e pelo Decreto Municipal nº 21.352/2006, que cuidou em aprovar o regimento interno do Conselho.